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En 1842, Duarte se convirtió en un oficial de alto rango de la Guardia Nacional, dirigida por el Gobierno haitiano. En 1843 participó en la Revolución Reformista contra la dictadura de Jean Pierre Boyer, quien amenazaba con invadir la parte occidental de la isla con intención de unificarla. Después de derrotar al presidente haitiano Charles Herard y tras conseguir la independencia dominicana en 1844, se formó una Junta que designaría al primer gobernante de la nación; la mayoría de los miembros votó por Duarte para presidirla pero él declinó tomando el cargo en su lugar Tomás Bobadilla.